水資源和環境工程為跨領域、綜合性的應用科學，要解決水資源和環境問題除須應用工程技術外，還牽涉許多相關的領域，如：化學、生物、經濟、管理等，因此學生所學較為廣泛，包括土木、水利、環工基礎課程 ( 如：測量、工程圖學、、工程統計、工程材料、工程數學、應用力學、流體力學、水文學、結構學、工程經濟等 ) ，水資源工程 ( 如：明渠水力學、水資源工程設計、水土保持、地下水、治河與防洪工程、灌溉與排水、海岸工程、水資源規劃 ) ，環境工程 ( 環境化學、環境微生物、水質分析、給水及污水工程、土壤污染、空氣污染、環境毒物概論、固體廢棄物等 ) ，學生可依興趣、未來升學就業等考量選課，課程訓練具有彈性。

本系課程涵蓋水資源及環境工程領域，教學特點如下： 

1.     配合科技進步與社會之演化，增開新課程或在傳統課程中加入新的知識和內容，如集水區管理、全球變遷、永續發展、環境管理等。

2.     課程兼顧水資源及環境工程之分析、規劃、設計，並加強學生對電腦與資訊科技的應用能力，訓練學生熟習基本程式語言與各種工程軟體之應用，以呼應工程界對現代工程師的資訊專業之需求，並為高深研究進修奠定基礎。

3.     增加管理、策略方面之課程，以拓展學生的視野，增加學生跨領域的知識，適應未來社會對於環境管理與永續發展之需求。

4.     理論與實務兼顧，部分課程由經驗豐富的工程師兼任，學生可以接觸工程實務知識，增進就業機會與適應。鼓勵學生深造進修，並積極輔導學生申請國內研究所與留學國外研究所。

5.     加強學生評量，建立預警系統，提供補救教學或輔導。

6.     選派學生至國外大學或研究中心，進行短期遊學或研究，拓展學生國際視野。