◎自113學年度起，因本系取消學籍分組，為利於本系學生選課，承認本系開設之選修課程均計入本系原該兩組學生之系選修學分。

另外，亦承認工學院共同科開設之「綠色化學」、「工程與環境」及「碳定價:趨勢與管理應用」及本校人工智慧學系開設之「水資訊概論」及「智慧水資源管理概論」課程為本系系選修學分。

◎111學年度前入學學生修讀「AI與程式語言」及「探索永續」認列為自由選修學分。

      說明：

     一、依本校課程委員會112學年度第1學期會議決議辦理，旨揭二門課程不承認為各學系選修學分。

      二、旨揭二門課程不為111學年度前入學學生之通識課程架構課程，亦不承認為通識學分。

◎自111學年度起，本系水資源工程組及環境工程組同學如選修本校人工智慧學系開設之「水資訊概論」及「智慧水資源管理概論」等2門課程，可承認為「本系選修」畢業學分。

◎自109學年度起，環境工程組同學選修科目，除了可選修水資源工程組的「地下水」、「企業實習」2科，新增「地下水及土壤污染」課程，還另可選修水資源工程組6學分(不限科目，含必、選修)作為系選修課程。

◎自106學年度起，取消以「微積分」及「普通物理」做為擋修科目。

◎自105學年第2學期起，本系環組學生不得以修習土木系「自來水工程」替代本系環組必修課的「給水工程」。

◎自104學年度起，本系開放水資源工程、環境工程組兩組跨組選修課程。

  說明：

一、水資源工程組同學選修科目，除了可選修環境工程組開設的「給水工程」、「汙水工程」2科之外，還可選修環境工程組6學分(不限科目，含必、選修)作為系選修課程。

二、環境工程組同學選修科目，除了可選修水資源工程組的「地下水」、「企業實習」2科之外，還可選修水資源工程組6學分(不限科目，含必、選修)作為系選修課程。

三、但各組必修科目第一次修習、轉學生與重修生應依必修規定辦法修習。

◎自104學年度起，本系承認工學院大學部共同科開設之「綠色化學」、「工程與環境」、「水資源和環境問題的發展趨勢」課程，為本系環工組「本系選修」畢業學分。