本校於民國 53 年成立灌溉工程與水土保持科，培育農業灌溉及水土保持專才；民國 56 年改制大學後改為灌溉工程學系與水土保持學系；民國 59 年合併兩系為水利工程學系，下設灌溉工程與水土保持兩組；民國 63 年裁撤分組，僅設水利工程學系。在此時期，教育之目標在於訓練基礎水利工程人才。

其後為因應台灣水資源工程高級人才之需求，遂於民國 73 年成立水資源研究所，開始招收碩士班研究生。隨著台灣環境問題逐漸受到重視，本系又於民國 75 年在既有的水資源工程領域中加入環境工程，將研究所擴充為水資源及環境工程兩組。民國 77 年系易名為水資源及環境工程學系，研究所也改名為水資源及環境工程學研究所，隔年 (78 年 ) 成立博士班，至此規模完備，師資陣容逐漸堅強，開始整合水資源與環境領域之大學及研究所課程，訓練高級人才，並從事相關研究。迄今已有四千多位校友畢業，從事相關領域工作，貢獻專長於台灣的水資源與環境之問題解決與改善。

本系以提供人類社會用水安全為職志，啟發同學以工程及科學的手段達成造福社會的目的。兩個專業領域之特色分別簡述如下：

l   水資源工程領域: 

     著重水資源工程專業知識，使學生能深入理解水資源管理及洪水、乾旱等災害問題。課程亦融入氣候變遷之衝擊影響及電腦資訊科技之整合應用。畢業後可從事水利工程相關之產官學研工作，並可報考水利工程技師。

l   環境工程領域: 

     著重環境工程專業知識，課程融入清潔生產、循環經濟與永續發展概念，使學生能深入理解環境污染問題與提出符合永續發展之工程方法，以解決複雜的環境問題。畢業後可從事環境工程相關產官學研工作，並可報考環境工程技師。