本校於民國 53 年成立灌溉工程與水土保持科，培育農業灌溉及水土保持專才；民國 56 年改制大學後改為灌溉工程學系與水土保持學系；民國 59 年合併兩系為水利工程學系，下設灌溉工程與水土保持兩組；民國 63 年裁撤分組，僅設水利工程學系。在此時期，教育之目標在於訓練基礎水利工程人才。

其後為因應台灣水資源工程高級人才之需求，遂於民國 73 年成立水資源研究所，開始招收碩士班研究生。隨著台灣環境問題逐漸受到重視，本系又於民國 75 年在既有的水資源工程領域中加入環境工程，將研究所擴充為水資源及環境工程兩組。民國 77 年系易名為水資源及環境工程學系，研究所也改名為水資源及環境工程學研究所，隔年 (78 年 ) 成立博士班，至此規模完備，師資陣容逐漸堅強，開始整合水資源與環境領域之大學及研究所課程，訓練高級人才，並從事相關研究。迄今已有四千多位校友畢業，從事相關領域工作，貢獻專長於台灣的水資源與環境之問題解決與改善。

水資源工程組及環境工程組皆以提供人類社會用水安全為職志，啟發同學以工程及科學的手段達成造福社會的目的。兩組之特色分別簡述如下：

l   水資源工程組: 以水文及水理為基礎，水利工程為主軸，佐以資訊運算科技範疇，課目涵蓋範圍包含流體力學、水文學、明渠水力、洪水防災、海岸工程等範圍，達成興水之利除水之害之水資源永續利用為目標。

l   環境工程組: 以給水汙水工程及水質處理工程為基礎，結合廢棄物處理循環再利用及空氣品質監測等科學範疇，課目涵蓋範圍包含環境化學、固體廢棄物、給水汙水工程、微生物學及水質管理等，達成安全用水品質及生態環境永續的願景。